W skład Efektywnych Mikroorganizmów wchodzą trzy główne grupy mikroorganizmów: bakterie kwasu mlekowego, drożdże i bakterie fototroficzne.
Bakterie kwasu mlekowego to ogólne określenie taksonomiczne dla grupy bakterii, które przetwarzają duże ilości węglowodanów na kwas mlekowy w procesie fermentacji mlekowej. Poprzez produkcje kwasu mlekowego hamują one rozwój mikroorganizmów chorobotwórczych. Bakterie kwasu mlekowego są szeroko znane w procesie produkcji fermentowanych serów, jogurtów, pieczywa. Od momentu odkrycia bakterii kwasu mlekowego przez Ludwika Pasteura obserwowany był ich korzystny wpływ na zdrowie i długowieczność. Ostatnie badania wskazują, że oprócz regulacji pracy jelit bakterie kwasu mlekowego są immunostymulatorem, obniżają także cholesterol.
Drożdże znane są jako starter fermentacji, niezbędne w procesie wytwarzania alkoholu, produkcji chleba. Taksonomicznie są to organizmy eukariotyczne. Od grzybów różnią się tym, że praktycznie przez całe życie pozostają jednokomórkowe. W świecie mikroorganizmów stanowią one niewielką grupę, ale niezbędną dla ludzkiego życia. Drożdże żyją w środowiskach bogatych w cukier, w nektarze kwiatów, na powierzchni owoców. W EMTM dzięki obecności drożdży powstaje wiele biologicznie czynnych substancji jak aminokwasy, enzymy i polisacharydy.
Bakterie fototroficzne znane także, jako fotosyntetyczne, pojawiają się w antycznych czasach naszej planety, kiedy stężenie tlenu nie było na tak wysokim poziomie jak obecnie. Wykorzystują one energię słoneczną do metabolizowania substancji organicznych i nieorganicznych. Możliwości ich zastosowania są szczególnie widoczne w dziedzinie ochrony środowiska do rozkładania materii organicznej, oczyszczania ścieków, w rolnictwie, akwakulturze i hodowli zwierząt. Prowadzone są badania nad wykorzystaniem tych bakterii w produkcji wodoru i ich zdolności do trwałego rozkładu substancji. Bakterie fototroficzne odgrywają ważną rolę w obiegu węgla i azotu w przyrodzie. Technologia EM bazuje na współpracy z mikroorganizmami pierwotnie dominującymi w glebie a nie na wypieraniu ich ze środowiska.
